تجزیه و تحلیل ژنتیکی و فیلوژنتیکی نواحی Cyt-b و D- loop توالی DNA میتوکندری در گاوهای سیستانی، سرابی و براون سوئیس ایران

نوع مقاله : مقالات علمی- پژوهشی

نویسندگان

1 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران

2 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران.

چکیده

مطالعه مولکولی ساختار ژنتیکی گاو در جهت شناخت دقیق تر خاستگاه این حیوان می‌تواند در شناخت جنبه‌های نامشخص تاریخی آن موثر باشد. نژادهای گاو به دو گروه اصلی تائورس بدون کوهان (Bos Tuarus) و ایندیکوس کوهان دار (Bos indicus) تقسیم می شوند. به نظر می رسد هر دو گروه گاوههای ذکر شده در جمعیت گاو های ایران موجود می باشند. با مطالعات ملکولی می توان وابستگی گاوها را به هر یک از این گروه ها مشخص نمود. شناخت این وابستگی از نظر خاستگاه آن ها دارای اهمیت خاصی است. هدف از این مطالعه بررسی توالی نوکلئوتیدی جایگاه‌های ژنی Cytochrome-b و HVR 1&2 ناحیه ژنی D-loop در DNA میتوکندریایی در سه گروه ازگاوهای سیستانی، سرابی و براون‌سوئیس بود. استخراج DNA از تعداد 20 نمونه خون از هر نژاد از بانک خون گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه فردوسی مشهد با در نظر گرفتن عدم خویشاوندی بین نمونه ها گرفته و DNA آن ها به روش گوانیدین تیوسیانات- سیلیکاژل استخراج شد. واکنش زنجیره ای پلیمراز با طراحی پرایمرهای اختصاصی برای تکثیر قطعات 701 و 751 جفت بازی نواحی ژنی HVR 1&2وCyt-b از توالی ژنوم میتوکندری براساس روش استاندارد انجام گردید. توالی یابی نواحی تکثیر شده از ژن های Cyt-b و D-loop با استفاده از دستگاه خودکار (ABI 3130) به روش سانگر صورت گرفت. تنوع نوکلئوتیدی به ترتیب برای نژادهای براون سوئیس، سرابی و سیستانی حدود 0037/0، 0024/0 و 0029/0 برآورد شد. با توجه به مشاهده تفاوت های نوکلئوتیدی در نواحی ژنی Cyt-b و HVR 1&2 نسبت به ثبت آنها در ژن بانک جهانی اقدام شد. نتایج آزمون فیلوژنتیکی با استفاده از UPGMA برای هر دو جایگاه ژنی نشان داد که گاوههای سرابی و سیستانی در یک گروه و گاو نژاد براون سوئیس در گروه دیگر قرار دارند.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Phylogenetic and Genetic Analysis of D-loop and Cyt-b Region of mtDNA Sequence in Iranian Sistani, Sarabi and Brown Swiss Cows

نویسندگان [English]

  • Reza Valizadeh 1
  • Mohammad Reza Nassiry 1
  • Belal Sadeghi 2
  • Shahrokh Ghovvati 2
  • Ali Javadmanesh 2
1 Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran
2 Department Animal Science, Faculty of agriculture, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran.
چکیده [English]

Cattle have an important role in primary human civilization, so molecular studies for more accurate
recognition of their origin are effective to identify unknown historical aspects. Cattle can be divided in to 2 main
groups including Bos Tuarus and Bos Indicus. Both types of cattle can be found in Iran; therefore study of their
origin has particular importance. The aim of this study was to investigate the nucleotide sequences of
Cytochrome-b (Cyt-b) and HVR1&2 loci of D-loop gene region in mitochondrial DNA of Sistani, Sarabi and
Brown Swiss breeds of cattle. Twenty blood samples of each breed, from non-relative individuals were obtained
from blood bank of animal science department of Faculty of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad. The
DNA content of sample was extracted based on the guanidinium thiocianate-silicagel method. Polymerase Chain
Reaction with specific designed primers was performed to amplify Cyt-b and HVR 1&2 loci with 751 and 701
bp lengths, respectively. Sequencing of amplified Cyt-b and HVR 1&2 loci were done based on Sanger method
by automatic sequencer machine (ABI 3130). Nucleotide diversity in Brown Swiss, Sarabi and Sistani breeds
were estimated 0.0037, 0.0024 and 0.0029, respectively. Sequences of Cyt-b and HVR 1&2 were register in
National Center for Biotechnology Institute due to nucleotide differences. Results of phylogenetic test using
UPGMA for both loci showed that Sarabi and Sistani breeds are belonging to first group and Brown Swiss breed
to other group.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Mitochondrial DNA
  • Native Cattle
  • Cytochrome-b
  • D-loop
  • HVR 1&2
CAPTCHA Image