TY - JOUR ID - 39343 TI - مقایسه روش‌های تجزیه مؤلفه‌‌های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مؤلفه‌های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار جمعیتی نژادهای اسب آخال‌تکه، عرب و کاسپین با استفاده از اطلاعات ژنومی JO - پژوهشهای علوم دامی ایران JA - IJASR LA - fa SN - 2008-3106 AU - بابایی, نسرین AU - رافت, عباس AU - مرادی, محمد حسین AU - فیضی درخشی, محمد رضا AD - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران. AD - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران AD - گروه کامپیوتر، دانشکده فنی و مهندسی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران Y1 - 2021 PY - 2021 VL - 13 IS - 3 SP - 453 EP - 462 KW - روش‌های DAPC و PCA KW - ساختار جمعیت KW - نژادهای اسب خاورمیانه KW - نشانگرهای SNP DO - 10.22067/ijasr.0621.39343 N2 - ابداع روش­های تعیین ژنوتیپ با توان بالا و مقرون به صرفه طی سالیان اخیر، امکان ارزیابی ساختار ژنتیکی و ارتباط میان جمعیت­های یک گونه را با استفاده از اطلاعات ژنومی فراهم ساخته است. بررسی ساختار جمعیتی بر اساس نشانگرهای گسترده در سطح ژنوم، اطلاعات ارزشمندی در ارتباط با روابط تکاملی و دسته­بندی زیرجمعیت­ها فراهم می­کند. هدف از این تحقیق مقایسه دو روش­ تجزیه مؤلفه­های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مؤلفه‌های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار و روابط بین جمعیتی سه نژاد اسب موجود در منطقه خاورمیانه شامل آخال­تکه، عرب و کاسپین بود. به این منظور از داده­های ژنومی بدست آمده از آرایه­هایIllumina 50K SNP Beadchip  در 61 نمونه از این نژادها استفاده شد. این تحقیق با همکاری پروژه کنسرسیوم تنوع ژنتیکی اسب (EGDC) انجام شد و کدهای مورد نیاز برای آنالیز داده­ها در نرم­افزار R تهیه شدند. نتایج حاصل نشان داد که در هر دو روش 8/10 درصد واریانس توسط دو مؤلفه اول توجیه می­شود و هر دو روش سه جمعیت را جدا از هم خوشه­بندی کردند. معیار ارزیابی تعداد بهینه خوشه­بندی برای روش DAPC، معیار اطلاعات بیزی (BIC) بود که تعداد K=3 بهترین نتیجه را با کمترین BIC نشان داد. روش DAPC نسبت به روش PCA با نتایج بهتری همراه بود .در تعیین شمار بهینة K بهتر از روش PCA عمل کرد و تصویر بهتری از ارتباط بین افراد ارائه داد. همچنین در انتساب افراد به گروه­های خود هر دو روش صحت بسیار خوبی ارائه دادند. در مجموع نتایج این تحقیق نشان می­دهد با وجود اینکه نتایج تحقیقات گذشته این سه جمعیت را که مربوط به منطقه خاورمیانه هستند در یک خوشه از درخت همسایگی قرار می­دهند، ولی با توجه به نتایج این پژوهش و با استفاده از روش­های مورد استفاده در این تحقیق، سه نژاد به صورت مجزا گروه­بندی می­شوند و DAPC می­تواند تصویر بهتری از روابط بین جمعیتی در نژادهای اسب ارائه دهد. UR - https://ijasr.um.ac.ir/article_39343.html L1 - https://ijasr.um.ac.ir/article_39343_70ef21a926ac25345133e2b632e00b7c.pdf ER -